Patlıcanlı börek yapımının ilk aşamasında iç harcını hazırlamak gerekir. İç harcı için patlıcanları yıkayıp birkaç yerinden çizgi çizgi soyalım ve bir kaba tuzlu su yapıp patlıcanları içerisine koyalım ki acısı gitsin yaklaşık on beş dakika bekletmemiz gerekecek. Bu sırada soğanı robottan geçirelim ya da elinizde çok ince doğrayın ve tencereye alıp üzerine bir iki yemek kaşığı sıvı yağ ilave edin. Ardından salçayı ekleyin ve kavurun bu sıra da patlıcanları da sudan çıkarıp robottan geçirin ve onu da tencereye ekleyin. Diğer pul biber karabiber kimyon ve tuz gibi malzemeleri de ekleyip kavurun ortalama yirmi dakika pişirin. Harç pişince bir kenara alınır ve sos için iki yumurta, yoğurt, sıvı yağ bir kâsede çırpılır sos da hazır olunca fırın tepsisi yağlanır ve ilk yufka serilir.
Üzerine fırçayla sos sürülür ve ikinci kat yufka serilir bu defa patlıcanlı harç dökülür ve tekrar bu sıra takip edilerek bir sos bir patlıcanlı harç şeklinde kat kat dizilir ve son kat yufka serilir ve üzerine kalan sos eklenir ve dilimlenir üzerine çörek otu serpilir ve fırına verilir 180 derecede yarım saat kadar pişirilir ve ardından servis edilir.